Este plato tiene sus orígenes en los tiempos del Virreinato del Perú. Posiblemente un intento de imitación de los “buñuelos” españoles que consumían los conquistadores y la población de esclavos. Se utilizaron insumos al alcance como harina de trigo, zapallos y chancaca para iniciar la tradición de un postre que, actualmente, tiene consumo masivo en el Perú y en Chile, y en ciudades cercanas de otros países limítrofes y que, en algún momento, compartieron el desarrollo cultural del Virreinato.
Durante los primeros años de la República, el consumo del postre ya era masivo en la ciudad de Lima tanto durante las fiestas como los días regulares. El tradicionalista peruano Ricardo Palma describe esta situación en varias de sus Tradiciones Peruanas que relatan el ambiente limeño de principios del siglo XIX. Ya desde entonces los picarones se constituían como un plato que se expendía en tiendas instaladas en la vía pública, costumbre que se conserva hasta el día de hoy.
En Chile, la tradición del consumo de los picarones en plazas públicas se remonta hasta al menos dos siglos. El historiador José Zapiola lo incluye como uno de los alimentos típicamente consumidos en las plazas chilenas de principios del siglo XIX